微生物菌种的常见衰退原因：
1、质粒脱落导致菌种衰退当控制产量的质粒脱落，或因为自身的突变或外界条件导致细胞核内DNA和质粒复制不一致时，一些微生物菌种在多次传代后没有对产量起决定性作用的质粒，则菌种处于衰退状态。
2、连续传代
连续传代是加速菌种衰退的重要原因，因为如果微生物菌种的传代次数越多的话，那么整个微生物菌种中个体退化细胞增加越多，占据的优势越快，这样就会导致群体表型下降。
3、培养和保存条件不当
不良的培养条件，如营养、温度、湿度、酸碱度、通风、保存条件，如营养、含水量、温度、氧气，不仅会诱导衰退微生物菌种的出现，还会促进衰退微生物菌种的快速繁殖。
避免微生物菌种衰退的技巧：
1、控制传代次数尽量避免不必要的移种和传代，传代次数越多，菌种发生衰退的机会就越高。在实验室检验或者是生产实际中，应严格控制传代次数。在检查培养基的过程中，所使用的菌种传代次数不能超过5代，以防止菌种因传代次数过多引起衰退影响检验。
2、利用不同类型细胞进行接种传代
放线菌，霉菌用菌丝进行移种比分生孢子容易衰退，因菌丝是对核且有异核存在，所以移种霉菌适宜采用孢子。
3、良好的培养条件
不良的培养条件会衰退细胞的出现，因此采用适宜的培养基进行菌种培养，以减少微生物菌种衰退的几率。
